胡其芬在看病的时候，塞给刘石人一张字条，上面写着：“医官，听难友说你是好人，难友们需要你帮助的地方很多，尤其我这病人，请接受我代表难友向你表示感谢！”刘石人悄悄将字条收了起来。看完病发药时，她又塞给刘石人第二张字条：“医官，不要怕！”刘石人迅速收起字条，没有声张。
几天后，胡其芬又进一步进行试探。看病时，请刘石人带一张字条到陆军医院交给大姐胡永芬，要家里带点日用品和药物。刘石人把信带给了胡其芬的大姐胡永芬，刘石人本人也见到了胡其芬的父母。胡家对刘石人十分感激，拜托他多加关照监狱中的胡其芬。刘石人把胡永芬写的回条和拖带的物品带进狱中，借看病的机会悄悄给了胡其芬。这条和狱外联系的秘密渠道就是这样打通的，胡其芬以“吉祥”名字写给狱外地下党的信就是通过这个刘石人传出去的。
监狱的情况非常复杂，当时外面送日用品监狱里的政治犯是受限制的，带信和书报更是绝对不准许的。刘石人这条渠道打通后，男女牢房找他带信的人逐渐多了起来。胡其芬发现这个情况后十分重视，经与狱中党员骨干研究后，她又给刘石人写了一张字条：“医官，大家的条子太多了，你穿着军装，不当去的地方你去了，这样对你太不利，对我们也很危险，因为我们只有你这一条路子向外联系，今后我们由几个可靠的人与你联系，集中转交来往的条子，你说好吗？”事后刘石人也确实这样做了。
胡其芬是个具有丰富对敌斗争经验的同志，为了避免暴露，她在一段时间后，改由另一位叫张坤壁的同志代替她与刘石人联系。张坤壁患肺结核病，看病拿药的机会多，即使同医官刘石人接触多一些也不易被敌人怀疑。因此这条秘密联络渠道一直隐蔽得很好，直到最后时刻也未被特务发觉。
胡其芬通过刘石人送信是十分慎重的，先是送到家里，仅限于带些生活用品之类，以后是经七星岗文通书局转吴锦再转给济民妇产科医院。经过多次考察，确认刘石人可靠，才开始让他将信直接送到济民医院的朱宝粹院长手里，然后送给中共重庆妇委的傅淑华同志那里。有一天夜晚，难友们对值班的看守说，胡其芬病了，快请医官来看病。刘石人果真来了，女共产党员李玉钿站在牢房门口佯装高声向他说：“大胡心脏病发了，快来看看！”刘石人一边应着一边走到胡其芬床前，这时胡其芬迅速塞给他一张字条，低声说：“这里有人受刑不过，咬上了外面几个朋友，请你明早把字条送出去，让他们躲避一下。”刘石人收下字条，草草“看完病”就走了。
第二天清早，刘石人将信送到七星岗文通书局。吴锦收到信，按信中的嘱咐请济民医院的张肖瑜大夫去重庆大学找一位同学，通过重庆大学“六 一社”社员赶快转移，使去重庆大学捕人的特务扑了一个空。
监狱的看守中有一个叫黄茂才的青年，出身农家，江竹筠、曾紫霞和胡其芬都对他进行了争取教育，黄茂才终于被争取过来。通过他送信给重庆大学的况蜀华，从而又开辟了另外一条与地下党组织联系的秘密渠道。解放后重新做人的黄茂才回忆起那段经历时一直还记得胡其芬等同志在监狱里对他的教育和帮助。他说：“胡其芬肯说话，她见到我总喜欢拉扯几句。看起来东一句、西一句，随便摆摊，其实都是启发我，教育我。我慢慢明白了一些道理。淮海战役后，我给他们带进了报纸，胡其芬对我说：国民党肯定要垮台，重庆肯定要解放，你是青年，跟着共产党走，为人民做了好事，将来也会欢迎你的。我原来的落后反动思想渐渐转变了，愿意为她们做点事。”
心中有信仰，更艰苦卓绝的环境也会对真正的共产党人充满乐观心态。胡其芬就这样的共产党人。对她这样的人，监狱只能禁锢她的身体，却禁锢不了她的精神和思想。阴暗潮湿的牢房里，条件十分差，可胡其芬从来没有因此产生过悲观情绪，相反她总是在同志们面前时常哼哼歌，做些小玩艺活跃气氛。她自制过一把团扇（作为烈士在狱中的唯一遗物，保存在歌乐山烈士陵园），在扇面上题写了“清风徐来”四个字，同室女囚友们总轮换着拿这把扇子鼓励自己对敌斗争。
在残酷的监狱里，有时一些年轻同志尤其是年轻的女同志没有经历过敌人的残暴行径，很难一下经得起这种特殊斗争的考验。为此，胡其芬被关进渣滓洞监狱不久，就有意识地组织女牢的难友进行辅导性的学习。首先是理想和信仰的学习。她和女牢的同志有一个共同的口号：“活着干，死了算，活着出去还要干！”所谓干，就是干革命。她和江竹筠、李青林等女党员骨干组织女难们一起学文化、学政治，用革命理论武装头脑，收到很好效果。
胡其芬喜欢唱歌，她把教难友们唱歌作为一项重要工作，一如她过去在抗日宣传中教唱救亡歌曲一样，她教难友们唱各式各样的歌：有战斗的歌，有抒情的歌，特别是解纷区和苏联的歌曲，更为难友们喜爱。其中一首《青年近卫军》的歌成为监狱里最流行的歌之一：
我们迎着曙光前进，
战斗的同志们！
敌人就要崩溃，
胜利就要来临。
快武装起来团结紧！
劳动者青年一条心，
我们是无产阶级青年近卫军！
高唱着这样的战斗歌曲，难友们的斗争意志在内心更加坚定，也对胜利更加充满信心。
对新入狱的难友，特别是缺少斗争经验的年轻同志，胡其芬总是满腔热情地关心她们，帮助她们认清形势、安定情绪的同时，教她们如何对付敌人，如何对付刑讯。比如进步女青年张坤壁在被押到渣滓洞监狱时，胡其芬就告诉她，这里要进行复审，一般不用大刑，即使弄到“二处”去用大刑也不要怕，熬过去就没有什么了。还同她谈气节问题，告诉她，哪些行为是背叛革命，是叛徒。这些话对张坤壁非常管用，使她在特务审讯前便有了思想准备。当特务提她去复审时，心里就比较镇定。当特务先叫张坤壁看老虎凳、刑架、皮鞭等刑具，企图吓唬一通时，张镇静自若地对付了过去，没有暴露党的任何机密，后来也一直挺住了敌人的种种威胁和刑拷。
在“11 27”大屠杀中幸运脱险的盛国玉，是因为丈夫被捕而牵连入狱的。胡其芬和难友们对盛国玉热情帮助，使其终身难忘。她曾这样回忆说：“她们对我像亲姐妹一样，关心我，安慰我，照顾我，使我不感觉孤独不怕。大胡（其芬）经常讲狱中斗争的情况。她说：李二（青林）被敌人的老虎凳折断了一条腿，但是她仍然愉快地生活，学习，参加斗争。江姐受刑最重，但她根本不害怕。惨无人道的刑具征服不了革命者坚强的意志。她告诉我，以后法官来审讯时，胆子放大些不要怕。我们是为了人民的解放而不幸地被捕的，不是罪犯，在敌人面前要理直气壮。现在我们坐牢，每天只要两顿饭，洗冷水，但是这样的日子不会太长的了，革命一定会胜利的。由于大胡对我的启发帮助，我有了信心和勇气，觉得监狱并没有什么可怕。”
监狱里的斗争是复杂的，需要随机应变，注意策略，既要坚持原则又要采取灵活多样的方式。1948年秋，鉴于里来了一个“感训员”白佐生，对政治犯进行所谓“思想攻心”。这家伙出了不少坏点子，其中一个注意便是出一份《新生壁报》，企图拉一些不坚定的分子下水，写所谓的“悔过”，“反省”之类文章来软化和动摇难友们。如何与之斗争呢？“我有办法。”胡其芬在党员骨干讨论时，说道，我是基督教女青年会总干事，我来写文章。后来她果真写了一篇题为《纪念耶稣》的文章。文章说：耶稣被叛徒犹大出卖，钉在十字架上，为自己的信仰流尽了最后一滴血。他死得慷慨从容。耶稣那种为真理而献身的精神是值得学习的。文章结为写道：“主啊，经你考验我吧！”难友们放风时看到这篇带有宗教色彩的文章，一眼就明白其中的含意，而且和自己的境遇联系起来，精神上受到鼓舞。敌人万万没有想到他们费尽心机搞的这个壁报反而被政治犯所利用了，只好就罢了。
原新四军战时龙光章由于长期的监狱折磨，全身浮肿，病情严重。胡其芬向医官刘石人建议开出病危证明，要求送往陆军医院医治。经过刘石人的多次争取，特务看说所长被迫同意。胡其芬写信给在陆军医院担任内科副主任的大姐永芬，要求她尽力挽救这位难友的生命。在胡永芬的关照下，龙光章的病情终于好转，但是特务不等他痊愈就迫不及待地将他押回监狱。回狱之后，龙光章病情恶化，不久，病逝狱中。难友们为了抗议特务对龙光章的迫害，要求在狱中开追悼会，为此发动了绝食斗争。胡其芬抱病和难友们一起绝食三日，终于迫使特务看说所长不得不允许召开追悼会。这天胡其芬和女牢的难友们一个一个戴上小百花，表示对战友的沉痛哀悼。这是一次胜利的斗争，显示了团结的力量，组织了力量。
胡其芬想通过医官刘石人营救一些难友出狱。她问刘石人，能不能多开一些疾病证明，争取使一些患病的难友得到保释出外就医的机会。刘石人考虑之后便给一些难友填写严重疾病的病历，以备特务核查，然后，开出保外就医的证明。虽然特务没有全部同意，但其中一些案情较轻的同志，在1949年和谈期间，在外面配合营救下，终于获得释放。
监狱的条件十分恶劣，终日不见阳光，伙食粗劣不堪，许多难友严重营养不良，全身浮肿，有的患了痢疾，肺结核，心脏病。胡其芬入狱后也患了严重的心脏病，经常胸闷，气紧，心绞痛，身体日趋衰弱。但她对自己的病并不介意，依然以火样的热情关心和帮助有困难的难友。她把家里的经民妇产科医院的同志们给她送来的药品、奶粉、鱼肝油丸等等，分送给有病的难友。左绍英生了孩子，缺奶，她把自己的奶粉送给了婴儿，虽然她当时的身体也迫切需要营养。她还把自己穿的绒线衫拆了，给婴儿编织衣服。她时常抱着婴儿站在风门口，哼着温柔的曲调。在这个诞生于苦难中的革命后代身上，她寄托着对未来的希望，给孩子取了个保加利亚女革命家的名字“苏菲亚”。她哪里想到，这个未满周岁的婴儿也会惨死在特务的机枪下呢！
胡其芬以亲身经历写了共产党员在监狱和法庭进行斗争的剧本。她用竹签当笔，伏在床上写呀写呀，写了厚厚一本草稿。这不是是一般的剧本，而是真是的记录，是向党的汇报，可惜竟没有一页保存下来。
胡其芬在黑牢里战斗五百九十多个漫长的日日夜夜，她始终是一团火，熊熊地燃烧着 她的行动和充满机智的组织能力，使得革命者在黑暗的监狱里依然充满朝气和信心。
1949年11月27日深夜，当胡其芬和监狱同志们正在与外面的地下党组织准备策划大营救的实施计划时，敌人的大屠杀提前开始了 当特务们以转移为名，将两间女牢的13名政治犯押到男牢楼下第八室时。守在牢房风门口察看外面动静的胡其芬，见一群敌军涌进放风坝、架起几挺机枪对准牢房时，她立即意识到这是最后的时刻了，故拿出全部力量和